มนุษย์ผู้อยู่อาศัยกลุ่มแรกบนหมู่เกาะญี่ปุ่นย้อนรอยถึงช่วงก่อนประวัติศาสตร์ราว 30,000 ปีก่อนคริสต์ศักราช ยุคโจมง ซึ่งตั้งชื่อตามเครื่องปั้นดินเผาลายเชือกทาบที่ถือกำเนิดในยุคดังกล่าว ตามด้วยยุคยาโยอิในช่วง 1,000 ปีก่อนคริสต์ศักราชแรก ในยุคนี้มีการรับสิ่งประดิษฐ์ใหม่ ๆ จากประเทศในเอเชียมาใช้ และปรากฏบันทึกที่กล่าวถึงประเทศญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกใน หนังสือฮั่น ในคริสต์ศตวรรษแรก

ช่วงก่อนคริสต์ศตวรรษที่ 3 ชาวยาโยอิจากผืนแผ่นดินใหญ่ย้ายถิ่นเข้าสู่หมู่เกาะญี่ปุ่นและริเริ่มการใช้เทคโนโลยีเหล็กและอารยธรรมเกษตรกรรม[1] ประชากรชาวยาโยอิเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วจากอารยธรรมเกษตรกรรมจนครอบงำชาวโจมงซึ่งเป็นชาวพื้นเมืองเก็บของป่าล่าสัตว์ที่อาศัยอยู่บนหมู่เกาะญี่ปุ่นในที่สุด[2] ระหว่างศตวรรษที่ 4 ถึง 9 อาณาจักรและชนเผ่าญี่ปุ่นค่อย ๆ เป็นหนึ่งเดียวกันภายใต้รัฐบาลรวมศูนย์อำนาจนำโดยจักรพรรดิญี่ปุ่นเพียงในพระนาม มีการสถาปนาราชวงศ์ที่มีการสืบสันติวงศ์จวบจนถึงปัจจุบันขึ้น แม้ว่าส่วนใหญ่แล้วจะเป็นในเชิงพิธีเกือบทั้งหมด ใน ค.ศ. 794 มีการก่อตั้งเมืองหลวงใหม่ขึ้นที่เฮอังเกียว (เกียวโตในปัจจุบัน) อันเป็นจุดเริ่มต้นของยุคเฮอังซึ่งสิ้นสุดใน ค.ศ. 1185 ยุคเฮอังได้รับการยอมรับว่าเป็นยุคทองแห่งวัฒนธรรมญี่ปุ่นคลาสสิก และนับจากนั้นศาสนาของชาวญี่ปุ่นเป็นการผสมรวมเข้ากับการปฏิบัติตามหลักทางลัทธิชินโตและศาสนาพุทธ

หลายศตวรรษต่อมา พระราชอำนาจของราชวงศ์ลดลงและถ่ายผ่านไปสู่ตระกูลฟูจิวาระซึ่งเป็นตระกูลขุนนางทรงอิทธิพล ส่งต่อไปยังตระกูลทหารและไพร่พลซามูไร ตระกูลมินาโมโตะภายใต้การนำของมินาโมโตะ โนะ โยริโตโมะได้รับชัยชนะจากสงครามเก็มเปใน ค.ศ. 1180–85 นำไปสู่ความพ่ายแพ่ของตระกูลทหารไทระซึ่งเป็นคู่แข่งกับตระกูลมินาโมโตะ หลังการยึดอำนาจ โยริโตโมะสถาปนาเมืองหลวงในคามากูระและเป็นผู้รับตำแหน่ง "โชกุน" ใน ค.ศ. 1274 และ ค.ศ. 1281 รัฐบาลโชกุนคามากูระสามารถต้านทานการรุกรานของมองโกลได้ แต่ใน ค.ศ. 1333 รัฐบาลล้มลงโดยคู่ต่อสู้ผู้อ้างสิทธิต่อรัฐบาลโชกุน ซึ่งนำทางสู่ยุคมูโรมาจิ ในยุคนี้ ผู้นำทางทหารท้องถิ่นที่เรียกว่า "ไดเมียว" เริ่มมีอิทธิพลเหนือโชกุน ท้ายที่สุด ประเทศญี่ปุ่นตกลงมาสู่ยุคสงครามกลางเมือง เมื่อเวลาผ่านไปถึงท้ายศตวรรษที่ 16 ประเทศญี่ปุ่นกลับมาเป็นหนึ่งเดียวกันอีกครั้งภายใต้การนำของไดเมียวที่ทรงอำนาจ โอดะ โนบูนางะ และผู้สืบตำแหน่งของเขา โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ หลังการเสียชีวิตของโทโยโตมิใน ค.ศ. 1598 โทกูงาวะ อิเอยาซุ ขึ้นครองอำนาจและได้รับการแต่งตั้งเป็นโชกุนโดยจักรพรรดิ รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะซึ่งปกครองประเทศจากเอโดะ (โตเกียวในปัจจุบัน) เป็นรัฐบาลผู้นำยุครุ่งเรืองและสันติสุขที่รู้จักในชื่อยุคเอโดะ (ค.ศ. 1600–1868) รัฐบาลโทกูงาวะกำหนดระบบชนชั้นอย่างเข้มงวดต่อสังคมญี่ปุ่นและตัดการติดต่อสื่อสารกับโลกภายนอกแทบทั้งหมด

ประเทศโปรตุเกสและประเทศญี่ปุ่นเริ่มติดต่อกันใน ค.ศ. 1543 จากการที่ชาวโปรตุเกสในฐานะชาวยุโรปกลุ่มแรกที่มาถึงประเทศญี่ปุ่นทางหมู่เกาะตอนใต้ ชาวโปรตุเกสสร้างอิทธิพลอย่างเห็นได้ชัดต่อประเทศญี่ปุ่นแม้จะมีการข้อจำกัดด้านการติดต่อโดยการนำเข้าอาวุธปืนสู่การสงครามญี่ปุ่น การเดินทางของเพร์รีชาวอเมริกันใน ค.ศ. 1853–54 ยุติการอยู่อย่างสันโดษของประเทศญี่ปุ่นเกือบทั้งหมด ซึ่งนำไปสู่การล่มสลายของรัฐบาลโชกุนและการคืนอำนาจสู่จักรพรรดิระหว่างสงครามโบชินใน ค.ศ. 1868 ผู้นำชาติใหม่ของยุคเมจิเปลี่ยนประเทศที่เป็นเกาะศักดินาโดดเดี่ยวเป็นจักรวรรดิซึ่งมีโครงสร้างคล้ายคลึงกับตะวันตกและกลายเป็นมหาอำนาจในที่สุด แม้ว่าประชาธิปไตยและวัฒนธรรมสมัยใหม่รุ่งเรืองในยุคไทโช (ค.ศ. 1912–26) กองทัพที่แข็งแกร่งของประเทศญี่ปุ่นมีอิสระในการปกครองตนเองสูงและครอบงำผู้นำพลเรือนญี่ปุ่นในช่วง ค.ศ. 1920 ถึง ค.ศ. 1930 กองทัพญี่ปุ่นบุกครองแมนจูเรียใน ค.ศ. 1931 และจาก ค.ศ. 1937 เป็นต่อมา ความขัดแย้งทวีคูณเป็นสงครามอันยาวนานกับประเทศจีน ใน ค.ศ. 1941 การโจมตีเพิร์ลฮาร์เบอร์ของประเทศญี่ปุ่นนำไปสู่สงครามกับสหรัฐและฝ่ายสัมพันธมิตร กองกำลังญี่ปุ่นเริ่มอ่อนกำลังลงแต่สามารถต้านทานไว้ได้แม้จะมีการโจมตีทางอากาศโดยฝ่ายสัมพันธมิตรที่ส่งผลให้เกิดความเสียหายอย่างรุนแรงต่อศูนย์กลางประชากร จักรพรรดิฮิโรฮิโตะประกาศการยอมจำนนของญี่ปุ่นในวันที่ 15 สิงหาคม ค.ศ. 1945 หลังจากเหตุการณ์การทิ้งระเบิดปรมาณูที่ฮิโรชิมะและนางาซากิและการบุกครองแมนจูเรียของสหภาพโซเวียต

ฝ่ายสัมพันธมิตรยึดครองญี่ปุ่นจนถึง ค.ศ. 1952 ในระหว่างนั้นรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ถูกบัญญัติขึ้นใน ค.ศ. 1947 ซึ่งเปลี่ยนแปลงประเทศญี่ปุ่นสู่ระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ หลัง ค.ศ. 1955 ประเทศญี่ปุ่นได้รับผลประโยชน์จากการเติบโตทางเศรษฐกิจอย่างก้าวกระโดดภายใต้การปกครองของพรรคเสรีประชาธิปไตยและกลายเป็นมหาอำนาจทางเศรษฐกิจของโลก ตั้งแต่ทศวรรษที่สาบสูญในช่วง ค.ศ. 1990 การเติบโตทางเศรษฐกิจชลอลง ในวันที่ 11 มีนาคม ค.ศ. 2011 ประเทศญี่ปุ่นได้รับผลกระทบจากแผ่นดินไหวขนาด 9.0 และคลื่นสึนามิ หนึ่งในภัยพิบัติที่รุนแรงที่สุดเท่าที่เคยบันทึกซึ่งทำให้ผู้คนกว่า 20,000 คนเสียชีวิตและจุดชนวนภัยพิบัตินิวเคลียร์ฟูกูชิมะแห่งที่หนึ่ง